Главное меню
Главная О сайте Добавить материалы на сайт Поиск по сайту Карта книг Карта сайта
Книги
Аналитическая химия Ароматерапия Биотехнология Биохимия Высокомолекулярная химия Геохимия Гидрохимия Древесина и продукты ее переработки Другое Журналы История химии Каталитическая химия Квантовая химия Лабораторная техника Лекарственные средства Металлургия Молекулярная химия Неорганическая химия Органическая химия Органические синтезы Парфюмерия Пищевые производства Промышленные производства Резиновое и каучуковое производство Синтез органики Справочники Токсикология Фармацевтика Физическая химия Химия материалов Хроматография Экологическая химия Эксперементальная химия Электрохимия Энергетическая химия
Новые книги
Сидельковская Ф.П. "Химия N-вннилпирролидона и его полимеров" ()

Райт П. "Полиуретановые эластомеры" (Высокомолекулярная химия)

Сеидов Н.М. "Новые синтетические каучуки на основе этилена и олефинов" (Высокомолекулярная химия)

Поляков А.В "Полиэтилен высокого давления. Научно-технические основы промышленного синтеза" (Высокомолекулярная химия)

Попова Л.А. "Производство карбамидного утеплителя заливочного типа" (Высокомолекулярная химия)
Книги по химии
booksonchemistry.com -> Добавить материалы на сайт -> Биохимия -> Саратиков А.С. -> "Регуляторы ферментативных систем детоксикации среди азотсодержащих соединений " -> 37

Регуляторы ферментативных систем детоксикации среди азотсодержащих соединений - Саратиков А.С.

Саратиков А.С., Ахмеджанов Р.Р., Бакибаев А.А. Регуляторы ферментативных систем детоксикации среди азотсодержащих соединений — Томск, 2002. — 264 c.
Скачать (прямая ссылка): regulyatorifermentnihsistem2002.djvu
Предыдущая << 1 .. 31 32 33 34 35 36 < 37 > 38 39 40 41 42 43 .. 75 >> Следующая

форме, поскольку лишь в этом случае возможно однозначное конструирование «супермолекулы». Построение воображаемого рецептора в виде набора точек тоже требует определённого пространственного сходства изучаемых объектов, хотя делались успешные попытки совместного исследования нескольких рядов соединений [209]. Среди упомянутых непрямых 3D-КССА-подходов, пожалуй, только метод HASL [215] может претендовать на применимость к структурно разнообразным лигандам, т.к. в нём формируется не «супермолекула», а оптимальная трёхмерная решетка.
Нами разработан и использован для прогнозирования биологической активности соединений различных классов метод «фронтальных многоугольников» (ФМ), основанный на принципе локального трёхмерного подобия молекул [216,217].
3.2. Математические основы метода «фронтальных многоугольников»
Одной из проблем установления 3D-KCCA является поиск ориентации молекулы лиганда относительно рецептора, обеспечивающей их наибольшее структурное соответствие. Трудность определения такой ориентации связана, во-первых, с большими размерами молекул и, во-вторых, с конформацион-ной лабильностью как лиганда, так и рецептора. В методе ФМ существенно преодолеваются оба эти препятствия на пути к построению 3D-KCCA.
Взаимодействие больших молекул с рецептором, приводящее к появлению биологической активности, может происходить за счёт сравнительно малого множества U из нескольких периферийных атомов, для которого трудоемкость установления структурного соответствия достаточно низка. Необходимо рассматривать ограниченный набор таких множеств ф={?/], U2, ..., UN}, т.к. при отсутствии ограничений их количество Л^рав-
но 2к, если имеются к периферийных атомов. Способ рационального выбора множеств Ut и создания последовательности моделей рецептора описан в работе [216].
Каждой молекуле сопоставим граф G, в котором вершинами обозначаются атомы, а ребрами - валентные связи, причем кратность ребра равна 1 независимо от кратности связи.
Определение 1. Атом называется периферийным, если ему в графе G соответствует вершина степени 1 или 2. Множество таких вершин обозначим через Вр.
Определение 2. Ребро графа G называется скелетным, если соответствующая ему связь соединяет атомы, не являющиеся периферийными.
В дальнейшем под графом G будем понимать его укладку в R3, которая отображает конформацию исследуемой молекулы; V - множество образов вершин графа в этой укладке. Тогда UciV - множество точек, совпадающих с центрами нескольких периферийных атомов. Для Ueф можно найти радиус-вектор центра тяжести
c=feXy’ (1)
где х j=(xj], xJ2, Xjj) - радиус-вектор j-й вершины, принадлежащей U.
Рассмотрим матрицу;
1 т
А = |^(ху,-с*) (xjk-ck); к = 1,2,3. (2)
Известно, что единичные собственные векторы е/ (/=1, 2, 3) матрицы А образуют базис факторных осей, а собственные значения X, являются дисперсиями координат точек из U в этом ба-
зисе. Нормируем собственные значения:
Плоскость проходящая через центр тяжести перпендикулярно собственному вектору с наименьшим значением А,- ? аппроксимирует расположение атомов в пространстве. Обозначим через M{U) наибольший выпуклый многоугольник, вершинами которого являются ортогональные проекции точек из U на плоскость <з(Ц). Пусть | hx\ - расстояние от точки Xдо c(U), Рх - проекция Xна o(U).
Определение 3. Множество UczBp называется внешним, если в графе G не существует скелетного ребра г, удовлетворяющего при некотором ?>0 одному из следующих условий: а) г пересекается с M(U) и I hA\ >s, I Ад I >s для вершин А и В, инцидентных г, б) \hA\>e, | hB I <?, Pb^M(U).
Следовательно, внешним является множество периферийных атомов, находящихся «с одной стороны» молекулы, т.к. соответствующий многоугольник M{U) не пересекается со скелетными связями (условие а) и находится вдали от их концов (условие б). Однако допускается расположение скелетных связей в плоскости многоугольника или с небольшими отклонениями от неё, когда | hA \ <е и | I <?. Например, для молекулы бензола M(U) представляет собой правильный шестиугольник с вершинами на атомах водорода, которые образуют множество
U = Вр ш Связям С=С соответствуют скелетные ребра графа G-Поскольку они лежат в плоскости многоугольника, множество U является внешним.
Определение 4. Многоугольник M(U) называется фронтальным, если U - максимальное относительно включения 138
2
внешнее множество графа G, такое, что ттЛ,-<Л^- и max Л/ < .
Значения А,- - относительные дисперсии координат в базисе е1, е2, е3 (см. выше). Если max Л,- достигает 1, то мы имеем одномерный случай: точки из U расположены вдоль одной факторной оси. При niinA,- «1/3 точки разбросаны в R3 хаотично, дисперсии по трем факторным осям примерно оди-|наковы. Вероятно, для анализа структурного соответствия наиболее интересен приблизительно двухмерный случай, когда
I атомы внешнего множества образуют своеобразную грань на
Предыдущая << 1 .. 31 32 33 34 35 36 < 37 > 38 39 40 41 42 43 .. 75 >> Следующая

Авторские права © 2011 BooksOnChemistry. Все права защищены.
Реклама