Главное меню
Главная О сайте Добавить материалы на сайт Поиск по сайту Карта книг Карта сайта
Книги
Аналитическая химия Ароматерапия Биотехнология Биохимия Высокомолекулярная химия Геохимия Гидрохимия Древесина и продукты ее переработки Другое Журналы История химии Каталитическая химия Квантовая химия Лабораторная техника Лекарственные средства Металлургия Молекулярная химия Неорганическая химия Органическая химия Органические синтезы Парфюмерия Пищевые производства Промышленные производства Резиновое и каучуковое производство Синтез органики Справочники Токсикология Фармацевтика Физическая химия Химия материалов Хроматография Экологическая химия Эксперементальная химия Электрохимия Энергетическая химия
Новые книги
Сидельковская Ф.П. "Химия N-вннилпирролидона и его полимеров" ()

Райт П. "Полиуретановые эластомеры" (Высокомолекулярная химия)

Сеидов Н.М. "Новые синтетические каучуки на основе этилена и олефинов" (Высокомолекулярная химия)

Поляков А.В "Полиэтилен высокого давления. Научно-технические основы промышленного синтеза" (Высокомолекулярная химия)

Попова Л.А. "Производство карбамидного утеплителя заливочного типа" (Высокомолекулярная химия)
Книги по химии
booksonchemistry.com -> Добавить материалы на сайт -> Биохимия -> Саратиков А.С. -> "Регуляторы ферментативных систем детоксикации среди азотсодержащих соединений " -> 38

Регуляторы ферментативных систем детоксикации среди азотсодержащих соединений - Саратиков А.С.

Саратиков А.С., Ахмеджанов Р.Р., Бакибаев А.А. Регуляторы ферментативных систем детоксикации среди азотсодержащих соединений — Томск, 2002. — 264 c.
Скачать (прямая ссылка): regulyatorifermentnihsistem2002.djvu
Предыдущая << 1 .. 32 33 34 35 36 37 < 38 > 39 40 41 42 43 44 .. 75 >> Следующая

I периферии молекулы. Это достигается, если штЛг- и тахЛ,-вне слишком велики. Значения г, К/ и Кс можно рассматривать как параметры метода. Очевидно, что должны выполняться неравенства: 0 < Kj < 1 / 3 < < 1.
Теперь пусть в ф входят только те Uh которым соответствуют фронтальные многоугольники. Согласно основной гипотезе обсуждаемого подхода, информация о расположении и характеристиках атомов вблизи одного или нескольких ФМ определяет комплементарность лиганда рецептору. Поэтому в дальнейшем вместо структуры всей молекулы анализируется только «активный слой» в окрестности каждого ФМ. Эту окрестность определим как область Г(?/):
Г(?/)= {X:\hx\< L,mm\PxY\< S, YeM(U)}, (3) где M(U) - фронтальный многоугольник; L, S - параметры.
В области Г(?7) могут находиться некоторые атомы, причем не только периферийные. Обозначим через D(U) множество проекций (отпечаток) атомов активного слоя на плоскость a(U): D(U)={Px:XzT(U)nV}. (4)
Каждая проекция Рх описывается набором величин: hx, axi, aX2, ¦¦¦, axi- Последовательность значений aXi характеризует
атом, являющийся прообразом вершины X графа G. В неё могут входить заряд, ван-дер-ваальсов радиус и другие величины. Высота проекции hx вычисляется по уравнению:
где е - единичная нормаль к а(?У) (один из собственных векторов матрицы А); X - радиус-вектор точки X. Нормаль е определена с точностью до знака. Направление её выберем согласно условию (6), чтобы она образовывала тупые углы с большинством векторов XY, направленных от периферийных атомов вдоль химических связей:
где Y - вершина графа G, смежная с X; т — количество вершин, смежных со всеми Хе U; Кь - параметр.
Условие (6) невыполнимо при любой из двух ориентаций нормали, если \j\<Kb. Такой ФМ считается двусторонним, т.е. порождающим два отпечатка с нормалями е и -е.
Итак, на плоскостях ФМ создаются отпечатки «активного слоя», в которых закодирована геометрия молекулы вместе с природой её атомов. Получить представление о строении рецептора можно путем поиска общих элементов структуры в рядах отпечатков разных молекул. Исследуемые соединения должны относиться к одной серии с определённым видом биологической активности. Для решения задачи об общих элементах структуры построим конечную последовательность моделей рецептора (цг). Эти модели будем называть мультиплетами, заимствуя термин из теории гетерогенного катализа А.А. Баландина [218], где возникают близкие по сути проблемы. В качестве мультипле-тов целесообразно выбрать отпечатки какой-либо молеку-
hx =е-(х- с),
(5)
1 ^ XY _
/ = — <*> ---------< -Кь < о
(6)
лы серии, например самой активной и (или) наиболее конформационно жёсткой. Проекции на этих отпечатках назовем центрами активности (ЦА) рецептора. Для остальных молекул серии найдем оптимальные наложения (ОПН) каждого из отпечатков v на каждый из мультипле-тов ц. Наложение считается оптимальным, если не менее определённого количества N0 проекций отнесены к ЦА (первое требование) и характеристики проекций hx, aXi близки к соответствующим характеристикам ЦА (второе требование). При поиске наложения отпечаток и мульти-плет располагаются в некоторой плоскости у так, чтобы нормали е были направлены по одну сторону от у. Проекция P(v) считается отнесенной к ближайшему ЦА Р^\ если . выполняется неравенство:
p(v) р(ц)
<R
(7)
|где R - радиус области отнесения.
Близость характеристик проекций и ЦА оценим взвешенной суммой квадратов:
+nZ(4v) -4Ц))2+2><2>5г?-4Ь\ (8)
(=1
где wr, щ, W; - весовые коэффициенты.
Суммирование проводится по всем проекциям X отпечатка v и ЦА мультиплета ц, между которыми имеются отнесения. Выражение (8) не учитывает количество отнесений щ, поэтому в качестве критерия оптимальности наложения выберем величину 0 = F/«q . при а=1 функция Ф является обычным средневзвешенным квадратом, а при а>1 она учитывает также специфичность наложения, возрастающую с увеличением щ. Второе требование оптимальности можно теперь записать в виде:
141
Ф<К0, (9)
где Ко - граничное значение критерия.
Для достижения как можно большего количества отнесений необходимо перемещать отпечаток по мультиплету в плоскости у. Это перемещение раскладывается на три вида движений: параллельный перенос вдоль двух неколлинеар-ных осей и вращение вдоль оси, перпендикулярной у, поэтому задача может быть решена перебором на трёхмерной сетке. Но значительно эффективнее выглядит комбинаторный алгоритм, описанный в работе [217] и позволяющий найти последовательность ОПН для данной пары отпечаток -
2 2
мультиплет за время, пропорциональное nvn\x, где nv и им -соответственно количество проекций в отпечатке и ЦА в мультиплете.
Анализируя массив ОПН, найденный для различных молекул с определённым видом биологической активности, можно обнаружить мультиплеты, принимающие наибольшее участие в наложениях, и получить представление о структуре фрагментов рецептора. Построение КССА по массиву ОПН выполнено в работе [219], хотя в исходном варианте [216] метод ФМ не учитывал внутреннее движение молекул.
Предыдущая << 1 .. 32 33 34 35 36 37 < 38 > 39 40 41 42 43 44 .. 75 >> Следующая

Авторские права © 2011 BooksOnChemistry. Все права защищены.
Реклама